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「株を売って利益が出たら、税金はいくら？」「何回かに分けて買った株の取得費はどう計算する？」。株の売却益にかかる税金は、利益の額に税率をかけて計算します。ポイントは、利益を出すときの「取得費」の求め方です。
結論：国税庁によると、上場株式等の売却益（譲渡所得等）は「売却額−（取得費＋委託手数料等）」で計算し、税率は20％（所得税15％・住民税5％）です。令和8年分までは復興特別所得税（基準所得税額の2.1％）が加わり、合計20.315％です。令和9年1月1日以後に生ずる所得は、復興特別所得税1.1％と防衛特別所得税1％に変わりますが、合計の税率は同じです（復興特別所得税の課税期間は令和29年12月31日まで）。同じ銘柄を2回以上に分けて買った場合の取得費は、「総平均法に準ずる方法」で1株あたりの金額を出して計算します。
この記事では、国税庁のタックスアンサーをもとに、税額の計算式、取得費の求め方、国税庁の設例による計算例、特定口座やNISAとの関係を整理します。
株の売却益にかかる税金の計算式
株式等の売却による所得は、給与などの他の所得と分けて税金を計算する「申告分離課税」です。上場株式等の場合の計算は次のとおりです。
- 譲渡所得等の金額＝総収入金額（売却額）−必要経費（取得費＋委託手数料等）
- 税額＝譲渡所得等の金額×税率
| 税金 | 税率 |
|---|---|
| 所得税 | 15％ |
| 復興特別所得税（令和8年分まで：所得税額の2.1％） | 0.315％ |
| 住民税 | 5％ |
| 合計 | 20.315％ |
国税庁によると、復興特別所得税は平成25年から令和29年までの各年分の所得税とあわせて申告・納付します。令和8年度の税制改正で、課税期間は令和19年12月31日までから令和29年12月31日までに10年間延長されました。令和8年分までの税率は基準所得税額の2.1％で、所得税15％の2.1％は0.315％なので、合計で20.315％です。
令和9年からの変更点
国税庁によると、令和8年度の税制改正で防衛特別所得税が創設されました。令和9年1月1日以後に生ずる所得については、復興特別所得税の税率が1.1％（改正前2.1％）に引き下げられ、防衛特別所得税（所得税額の1％相当額）があわせて徴収されます。国税庁は、改正前後で合計税率（2.1％）に変更はないとしています。所得税15％に対して1.1％と1％を合わせると0.315％で、売却益にかかる税率の合計は20.315％のままです。
2回以上に分けて買った株の取得費：総平均法に準ずる方法
同じ銘柄を2回以上に分けて購入し、その一部を売却した場合、取得費は「総平均法に準ずる方法」で求めた1株あたりの金額をもとに計算します。
- 計算式：（A＋B）÷（C＋D）＝1株あたりの金額
- A：最初に購入した時（その後に売却している場合は直前の売却の時）の購入価額の総額
- B：その後から今回の売却の時までの購入価額の総額
- C・D：A・Bの株数
1円未満の端数は切り上げます。
国税庁の設例で計算してみる
| 時期 | 取引 | 株数 | 単価 | 金額 |
|---|---|---|---|---|
| X1年5月 | 購入 | 5,000株 | 800円 | 4,000,000円 |
| X1年8月 | 購入 | 2,000株 | 850円 | 1,700,000円 |
| X1年9月 | 売却 | 3,000株 | 900円 | 2,700,000円 |
- 1株あたりの金額：（4,000,000円＋1,700,000円）÷（5,000株＋2,000株）＝815円（1円未満切り上げ）
- 取得費：815円×3,000株＝2,445,000円
- 譲渡所得等の金額：2,700,000円−2,445,000円＝255,000円（委託手数料はないものとした国税庁の設例）
- 税額の目安：255,000円×20.315％＝約51,803円（所得税・復興特別所得税と住民税の端数処理は考慮していません）
国税庁の設例では、その後X2年3月に5,000株を870円で買い増し、X2年7月に6,000株を売却しています。このときは、残っていた4,000株を815円で評価した金額に買い増し分を加えて、7,610,000円÷9,000株＝846円が1株あたりの金額になり、取得費は846円×6,000株＝5,076,000円です。
特定口座・NISA口座との関係
- 特定口座（源泉徴収あり）：証券会社が取得費や売却益を計算し、売却の都度税金を源泉徴収します。原則として確定申告は不要です。選び方は特定口座の源泉徴収あり・なしの記事で解説しています。
- 損失が出たとき：国税庁によると、上場株式等の売却損は、確定申告により、その年の上場株式等の配当等と損益通算できます。ただし、上場株式等の配当所得は申告分離課税を選択したものに限られます。損益通算しても控除しきれない損失は、翌年以後3年間にわたり繰り越せます（繰越控除）。繰越控除を受けるには、損失が出た年に付表などを添付した確定申告書を提出し、その後の年も連続して確定申告書を提出する必要があります。株の売却がなかった年も、損失を翌年へ繰り越すための申告が必要です。詳しくは株の損失の繰越控除の記事、年内の売却のタイミングは株の損出しの記事をご覧ください。
- NISA口座：NISA口座で買った株式の売却益は非課税です。一方、国税庁によると、NISA口座内の上場株式等を売却して生じた損失は、損益通算も繰越控除もできません。
配当金にかかる税金は配当金の税金の記事で解説しています。株式の売買サービスや特定口座の取扱いは、各証券会社の公式サイトで確認できます。
よくある疑問
Q. 売却手数料は差し引ける？
A. 国税庁の計算式では、売却額から差し引く必要経費に「取得費＋委託手数料等」が含まれます。売買の委託手数料は必要経費になります。
Q. 一般株式等の損失を上場株式の利益と相殺できる？
A. 上場株式等と一般株式等（非上場株式など）はそれぞれ別の申告分離課税のため、原則として相殺できません。
Q. 投資信託やETFを売ったときも同じ計算？
A. 国税庁によると、上場株式等にはETFやJ-REIT、公募投資信託の受益権なども含まれます。売却益の計算や税率の考え方は上場株式と同じです。
まとめ：利益×20.315％、取得費は総平均法に準ずる方法で
- 株の売却益は「売却額−（取得費＋委託手数料等）」で計算し、税率は合計20.315％（令和8年分までは所得税15％・復興特別所得税0.315％・住民税5％）です。
- 令和9年1月1日以後に生ずる所得は、復興特別所得税1.1％と防衛特別所得税1％相当に変わりますが、合計は変わりません。復興特別所得税の課税期間は令和29年12月31日までです。
- 同じ銘柄を2回以上買った場合は、総平均法に準ずる方法で1株あたりの金額（1円未満切り上げ）を出します。
- 国税庁の設例では、取得費2,445,000円、売却益255,000円、税額の目安は約51,803円です。
本記事は情報提供を目的としており、特定の金融商品の売買を推奨するものではありません。個別の税額は所得の状況や口座の種類で変わるため、税務署や税理士に確認してください。
